La fondazione della chiesa di San Salvador risale al VII secolo e ha origini leggendarie: Gesù Cristo sarebbe apparso in sogno al vescovo San Magno per indicargli il luogo - al centro della futura città di Venezia - dove erigere una chiesa da dedicare a Lui stesso, Salvatore del mondo.
Nel XII secolo sorse un convento di canonici accanto alla chiesa romanica, che conobbe successive parziali ricostruzioni.
A partire dal 1506 il priore Antonio Contarini promosse la ricostruzione dell'intero complesso di edifici: chiesa, convento e abitazioni adiacenti. I lavori iniziarono secondo il progetto ideato da Giorgio Spavento (+1508) e proseguirono dapprima sotto la direzione di Tullio e Pietro Lombardo e infine con l'intervento di Jacopo Sansovino.
Alcune iscrizioni documentano il progredire della costruzione: nel 1520 era conclusa la parte absidale, nel 1530 la cantoria, nel 1532 la porta laterale sulle Mercerie e nel 1534 era terminato l'altar maggiore, sul cui fastigio si staglia la statua del Salvatore.
La facciata fu invece terminata molto tempo dopo, nel 1663, ad opera di Giuseppe Sardi. Il campanile risale al secolo XIV e fu restaurato o più semplicemente portato a termine alla fine dell'Ottocento.